尖锐湿疣抗病毒药物可以应用阿昔洛韦，为了提高疗效也可以配合免疫调节剂，但是目前缺乏明确有效的证据。外用药首选咪喹莫特乳膏，但是单独药物治疗效果不佳，最好是联合治疗，常与物理治疗联合，常用的物理疗法包括冷冻治疗、激光治疗、电凝治疗、电离子治疗或者微波治疗等，这些物理治疗都是通过直接的破坏作用来清除皮损。
治疗的目的是尽早清除肉眼可见疣体，改善可能有的症状，减少复发，改善精神压力，美观需求，大多数患者经过治疗之后，皮疹可以改善或消退，治疗可能会减少人乳头瘤病毒感染，但很可能不会根治感染。如果选择不治疗，尖锐湿疣可能自行消退，可能保持不变，也可能增多、增大。