囊肿性痤疮的治疗原则主要为去脂、溶解角质、杀菌、消炎及调节激素水平。一般为长期持续性治疗，多采用药物治疗，分为外用药物和内服药物，辅以物理治疗。
一、药物治疗
1、外用药物治疗：
（1）维A酸类：主要是第三代维A酸类，如0.1%阿达帕林凝胶、0.1%他扎罗汀凝胶，主要用于囊肿性痤疮的轻中症。
（2）过氧苯甲酰：外用后缓慢释放出新生态氧和苯甲酸，可杀灭痤疮丙酸杆菌，并具有溶解粉刺及收敛作用，可用于痤疮丙酸杆菌感染的患者。
（3）抗生素制剂：如红霉素软膏、1%氯林可霉素磷酸酯，其不含油脂和乙醇的水溶性乳液，适用于皮肤干燥和敏感的痤疮患者。
2、口服药物治疗：
（1）抗生素：如四环素，可抑制痤疮丙酸杆菌和抑制中性粒细胞趋化，并使面部皮脂中游离脂肪酸浓度下降，来治疗囊肿性痤疮。
（2）异维A酸：此药可减少皮脂分泌，控制异常角化和黑头粉刺的形成，并抑制痤疮丙酸杆菌。但对肝肾功能有影响，应注意血液学，另外本药还有致畸作用，育龄期男女性应避孕，停药一年后才可怀孕。
（3）抗雄激素药物：如达英35，具有抗雄激素作用，又能抑制排卵和避孕作用，适用于患有痤疮而月经不正常或月经前痤疮皮损加剧的女性患者。
（4）糖皮质激素：小剂量的泼尼松或地塞米松具有抗炎作用，适用于重症囊肿性痤疮的患者，但不宜长期使用，以免出现不良反应。
二、手术治疗
本病暂无需手术治疗。
三、物理治疗
1、光疗：联合红蓝光照射，主要是破坏痤疮丙酸杆菌的细胞膜和菌体，其不良反应有疼痛、结痂、红斑和色素沉着。
2、铒激光或超脉冲二氧化碳激光磨削术：痤疮瘢痕应于痤疮得到基本控制的年龄阶段后期对瘢痕进行治疗。萎缩性瘢痕行铒激光或超脉冲二氧化碳激光磨削术。激光发挥热效应，治疗后刺激胶原新生，并进而重塑。增生性搬痕可用氟羟强的松龙混悬液或泼尼松龙混悬液局部注射。
四、其他治疗
粉刺可用特制的粉刺挤压器将内容物挤出，化脓皮损有时需切开引流，清洁皮损后，用药物按摩或药物喷雾，结合石膏药物倒模，可达到治疗和美容目的。