克罗恩病的临床表现与发病急缓、病变部位和范围、有无并发症有关，起病常较缓慢，病史多较长，主要症状为腹泻、腹痛、低热、体重下降等，粪便隐血可呈阳性，一般无便血。疼痛经常位于右下腹或脐周，一般为痉挛性疼痛，多不严重，伴有局部轻压痛。
当有慢性溃疡穿透、肠内瘘和粘连形成时，可出现腹内包块，部分病人出现肠梗阻的症状，但多为不完全性肠梗阻。诊断与鉴别诊断上，除临床表现外，X线、钡餐检查，如显示末端回肠肠腔狭窄、管壁僵硬、黏膜皱襞消失、呈线样征等，还有纤维结肠镜检查，有助于确诊。