患者做会厌囊肿的手术，一般需要住院5-7天。住院以后，患者首先需要做手术前的常规检查，包括胸片、心电图、彩超、血液系统检查等等，排查是否存在明显的手术禁忌症。如果发现有异常的指标，就需要请相关科室会诊，并制定治疗方案，评估手术的风险。
会厌囊肿的手术多数是在静脉全身麻醉下进行，手术以后患者还需要住院3-5天。由于手术区域是在较为敏感的会厌部位，患者有可能会出现比较明显的咽喉部疼痛感，可能会对吞咽、进食产生明显的影响，需要采取积极的抗炎、抗感染治疗，避免继发性炎症引起感染。