尿道口里面有尖锐湿疣，可以选择药物治疗或者物理治疗。由于个体差异大，用药不存在绝对最好、最快、最有效，除常用的非处方药外，应在医生指导下，充分结合个人情况，选择最合适的药物进行治疗，如可以首选咪喹莫特乳膏治疗。
另外，患者也可以配合物理治疗，常用的物理疗法，包括冷冻治疗、激光治疗、电凝治疗、电离子治疗和微波治疗等，这些物理治疗是通过直接的破坏作用，清除皮损。当皮损发生在小范围时，可以不需要手术。如果尖锐湿疣分布广泛，药物及冷冻等治疗无法去除皮损时，则可以选择手术切除治疗。