目前肺泡微结石症的病因及病理机制还不是很清楚，一般认为与遗传有关，也可能与环境因素有关系。
1、基因突变：目前认为病因与SLC34A2基因突变有关，而在我国主要为该基因中第8个外显子纯合子突变所致。基因突变可能会使磷酸盐的转运出现异常，肺泡内磷酸盐水平增高并与钙形成复合物，形成片状结晶沉积于肺泡壁，从而导致肺泡微石症发生。
2、遗传与环境因素：肺泡微石症多有家族遗传史，父母亲为近亲结婚者，其子女容易发生该病。研究显示，环境因素会影响肺泡微石症的发生，如粉尘、香烟烟雾、花粉等，可能是环境因素与基因突变相互作用引起的。