神经功能紊乱的原因有以下几种：
一、心理社会因素，长期的精神紧张、心理压力过大以及生气和精神受到刺激等。
二、遗传因素，家族性自主神经失调症，是一种少见的遗传性疾患，是自主神经系统先天性功能异常，该病为常染色体隐性遗传疾病，基因定位于第9号染色体长臂上的异常。
三、性别因素，女性由于性腺的内分泌和某些生理过程等引起，男性多受酒精和烟草的影响。
四、生物因素，如脑部的感染、肿瘤、外伤、出血、中毒、营养障碍和精神活性物质等器质性病变，均可直接或间接的损害人脑的正常功能和结构。