根管治疗封药以后可能会有轻微的疼痛，但是疼痛的时间一般只有三天左右。三天之后牙髓逐渐脱水、坏死，疼痛的感觉就不再明显了。一般还需要等待一周左右，牙髓完全坏死以后才可以进行下一步的治疗。
下一步的治疗是将牙髓完全取出，使用冲洗的药物将髓腔内感染的物质冲洗干净，同时使用专业的器械，将根管预备到标准的形态，便于之后的根管充填。
根管治疗的封药一般都是失活剂以及后期的氢氧化钙封药，它们之间存在区别。氢氧化钙主要是因为呈碱性，有杀菌、消毒的作用，适用于根管第二次封药。失活剂主要是使牙髓失活、坏死，主要用于根管治疗第一次封药。