大部分的川崎病能够彻底治愈。川崎病的彻底治愈，就是川崎病治疗以后没有留下任何并发症。川崎病最常见的并发症就是冠状动脉的病变，其中包括冠状动脉的轻度扩张、冠状动脉的瘤样改变，以及巨大冠状动脉瘤，甚至于还有其他中小血管的动脉瘤表现，这些是川崎病最主要的并发症或者后遗症，当然还有一些无菌性的关节炎、无菌性的脑炎等等。
如果这些并发症经过最后的处理都恢复为正常，就叫做川崎病彻底的治愈。但巨大的冠状动脉瘤不可能完全治愈，只有轻度扩张或者轻度的动脉瘤，以及一过性的关节炎可以彻底治愈。因此大多数川崎病能够彻底治愈，还有一小部分因为出现了中到大型的冠状动脉瘤，就没有办法彻底治愈，需要长期随访治疗。