治疗禽流感，最重要的是早期进行抗病毒治疗。抗病毒治疗抑制病毒的复制，可以改善症状，尽量在发病的48小时之内使用，效果比较好。首选的是奥司他韦、扎那米韦，是神经氨酸酶抑制剂。金刚烷胺、金刚乙胺是离子通道M2阻滞剂，也有一定的效果，但是目前临床上发现耐药的比较多。另外，阿比多尔也可以抑制病毒的复制，可以应用。
此外，要对症治疗，根据患者的症状，出现高热可给予退热治疗，例如应用布洛芬、扑热息痛、乐松片等药物。如果咳嗽、咳痰严重，可以应用复方甘草片、盐酸氨溴索等止咳祛痰药物。对于缺氧的患者，要给予鼻导管吸氧或者面罩吸氧。如果出现休克或者继发细菌感染，可以给予抗生素，同时积极纠正休克等治疗。