女性内分泌失调的原因通常是由下丘脑-垂体-卵巢轴功能异常，或靶细胞效应异常所致，部分还涉及遗传因素，如女性生殖器官发育异常等。女性内分泌失调可能会引起很多疾病，如多囊卵巢综合征，它的病因至今尚未阐明，目前研究认为它可能是由于某些遗传基因，与环境因素相互作用所致。原发性痛经它的发生主要是与月经时，子宫内膜、前列腺素含量升高有一定关系。而经前期综合征，它的原因也还没有完全确定，可能与精神社会因素、卵巢激素失调和神经递质异常有一定的关系。高催乳素血症引起的原因可能有下丘脑疾病，如颅咽管瘤、炎症；垂体疾病如垂体催乳素瘤、原发性甲状腺功能减退症等引起。