小的囊肿可以进行观察，不需要积极的治疗。因为肾囊肿是一个良性的病变，外面是薄薄的囊皮，里面是一包水。一般情况下，除非囊肿直径比较大，一般至少在5厘米以上，或者囊肿引起腰疼有症状，或者囊肿引起血尿，或者囊肿造成了集合系统的梗阻，合并有结石等。像这种情况下，囊肿就需要比较积极地处理，小的囊肿只需要观察就可以了。
囊肿的治疗现在很少去做开放手术，都是用微创手术，比如进行囊肿超声引导下穿刺抽吸囊液，然后打入一些硬化剂，比如无水酒精。另外，也可以采用腹腔镜的微创手术，把囊肿露在肾脏表面的这部分囊皮去掉。这种腹腔镜囊肿去顶术更加彻底，复发率也比较低。其他有一些复杂性囊肿，就需要特别严密观察它的发展的情况，很少的囊肿可能会有肾脏肿瘤发生，所以如果怀疑是复杂性的囊肿，就要进行积极地检查，进行进一步的治疗。