1、阴道超声检查：在多数情况下阴道超声很难区分输卵管妊娠和卵巢妊娠，但可以除外宫内妊娠。当发现子宫和直肠陷凹中有少量积液、患侧卵巢增大，其内可扫见形似孕囊的双环征时，结合临床表现即可诊断为卵巢妊娠。但这种机会极少，因为卵巢妊娠早期即可发生破裂和出血，不易出现孕囊。
2、腹腔镜检查：腹腔镜检查对卵巢妊娠的诊断极有价值，但有时在腹腔镜下仍难对卵巢妊娠与黄体破裂进行鉴别。育龄妇女发生急腹痛，不论有无停经史，只要腹腔内出血不明显、HCG阳性、除外宫内妊娠，应尽可能做腹腔镜检查。其对输卵管妊娠、卵巢妊娠或其它部位妊娠的诊断和鉴别诊断，具有十分重要的意义。
3、病理学诊断：卵巢妊娠的确诊仍依赖于术后的病理学检查。
4、血人绒毛促性腺激素检查：血人绒毛促性腺激素升高提示怀孕。卵巢妊娠时，可发现血人绒毛促性腺激素值明显低于正常水平，或多次复查后，可发现其水平仍很低或升高趋势缓慢。
5、妇科检查：一侧的附件区，触摸到不规则的包块或按压时会出现疼痛，此病症具有一定的提示意义。