治疗肛周脓肿的方法主要包括两种，即手术治疗和保守治疗，一般还是选择手术治疗。手术的方式主要是及时的切开、引流，如果是深部的肛周脓肿可能需要相应的麻醉，比如硬膜外麻醉，必要时全麻，然后在手术室进行广泛的切开、引流，一定要将死腔完全消除，将脓肿、脓液全部彻底的引流通畅。
要给予一些药物控制，给予一些抗炎对症的处理，加强换药。内科治疗的方法主要是一些抗炎、对症、支持的药物，包括营养支持，同时要找到肛周脓肿的发病原因积极的处理。