引起肺脓肿最常见的致病菌是厌氧菌，主要临床特征是痰液呈脓臭，除厌氧菌外，也有可能是革兰氏阴性杆菌、革兰氏阳性球菌、革兰氏阳性杆菌、革兰氏阴性球菌等。
如果患者确诊为肺脓肿后，可经验性的使用抗生素进行治疗，使用的抗生素要覆盖厌氧菌，例如青霉素、甲硝唑、奥硝唑、克林霉素、林可霉等。同时完善痰培养的检查，根据药敏结果实验更换抗生素。
如果患者一种抗生素无效，或者经过治疗后，临床症状无缓解时，可两种抗生素联合应用，必要时也可考虑介入或手术的治疗方法。