卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，内异症是有可能发生癌变的，主要恶变的部位在卵巢，其它部位是比较少见的，临床上有以下情况应警惕内异症恶变：
第一、是绝经后内异症患者疼痛节律改变；
第二、是卵巢囊肿直径>10cm；
第三、是影像学检查有恶性征象；
第四、是血清CA125水平>200U/mL。
治疗应遵循卵巢癌的治疗原则，预后一般比非内异症恶变的卵巢癌好，所以如果出现子宫内膜异位症，一定要引起重视，因为它是有癌变的可能。