造成小儿麻痹症肌肉萎缩的原因，是由于神经源性的肌营养不良造成的，神经可以具有营养肌肉的作用。如果儿童感染了小儿麻痹症，会引起运动神经的损伤，造成神经源性的营养不良。
这种情况下肌肉的萎缩很难处理，主要通过早期的针灸、按摩等方法得到一定程度的改善。但是绝大多数儿童都会出现一侧肢体的肌肉萎缩，引起两侧下肢的肌肉不对称，影响儿童的运动行动。
所以小儿麻痹症以预防为主，目前可以给儿童及时应用脊髓灰质炎疫苗。