先天性巨结肠的治疗方法主要有保守治疗和手术治疗，一般保守治疗就是采取药物治疗，主要方法就是用开塞露、肥皂水等溶液刺激肛门直肠，必要时可以用生理盐水灌肠，这样能够促进排便，一般对于症状比较轻微的患者可以使用保守治疗。但是如果患者症状比较严重，最好及时采取手术治疗，手术治疗才能从根本上治疗先天性巨结肠。