水痘预后良好，极少数重症病例病情凶险，可能留下神经系统后遗症，痊愈之后多可获得持久免疫力，病毒可以长期在人体神经节中潜伏，成年期后可导致带状疱疹。水痘患者有合并Reye综合征的风险，可能会在出疹后的3-8天出现，这是一种少见的并发症，但是为非常严重的并发症，给患儿使用阿司匹林会增加综合征的发生风险。
严重时水痘会合并脑炎，但是比较少见，可引起走路不稳、头痛、头晕、意识错乱和癫痫发作。孕妇感染水痘可能引起胎儿先天异常，主要表现为皮肤瘢痕的形成、四肢发育不全、小头畸形等，被称为先天性水痘综合征。