卡他莫拉菌感染治疗主要依靠有效的抗生素治疗为主，对药物治疗疗效不显著的，可采取对症的手术治疗。
一、药物治疗
使用抗菌药物进行治疗，主要目的是消灭感染灶的卡他莫拉菌，可选用阿莫西林克拉维酸钾、四环素、第二代头孢菌素、左氧氟沙星等药物。
二、手术治疗
1、鼻内镜手术：鼻窦炎患者药物治疗不满意或出现并发症，可通过鼻内镜手术清除病变，促进病变愈合。
2、鼓膜修补术：中耳炎患者并发鼓膜穿孔时，可进行鼓膜修补术，用来修复鼓膜正常结构功能。