阴茎根部发红最常见的原因是毛囊炎，引起毛囊炎常见的病原菌是金黄色葡萄球菌，可以分为化脓性和非化脓性，局部没有形成脓包或者小丘疹，只是有发红的表现，这时并不是很严重。毛囊只是早期受到了炎症感染，及时通过药物治疗是可以治好的，可以使用红霉素软膏或者百多邦软膏涂抹，要注意局部的清洁卫生。
发红的现象还要考虑是病毒感染，尤其是有不洁性生活史的人群，可能是通过性生活接触引起的感染，阴茎根部早期以发红为主，慢慢会出现淡红色的小丘疹，而且会融合成片，需要及时的通过相关的检查确诊。有些问题引起的发红，具有一定的传染性，要避免同房，防止发生交叉感染。