治疗滴虫性阴道炎主要用抗厌氧菌的药物，比如甲硝唑、阴道栓剂等，可以是阴道局部上药，也可以口服药物来治疗，要注意的是滴虫性阴道炎，可以通过性传播传染。所以女性在治疗的过程中，除了自己要治疗，伴侣也要同时治疗，而且在用药的过程中要停止同房，因为在这个时候同房，可能会影响药物的疗效，同时会使得女方有所不适，甚至会加重病情。
治疗的疗程是7-10天左右，而且要注意的是如果在用药过程中，例如阴道用药的过程中，来月经了就要停止阴道用药，在月经结束以后才可以继续应用。