脑手术根据病变部位的不同，可能出现不同的并发症，当无法恢复时也就是后遗症。包括头痛，头晕，偏瘫，失语，偏身感觉障碍，视野缺损，偏盲，视力的下降甚至失明，多饮多尿，智力下降，癫痫，精神症状，走路不稳，复视，肌张力障碍，体温调节障碍，性早熟，性发育迟缓，性功能障碍，嗜睡。严重的可以出现长期昏迷，甚至死亡。