门静脉栓塞的患者，早期主要是应用肝素抗凝治疗，是可以阻止血凝块的扩散。如果是急性期，可以应用溶栓治疗，主要是应用尿激酶，可使门静脉主干道再通。对于短期内的急性门静脉血栓形成，要尽早的行门静脉切开取栓术。如果是肠系膜血栓，形成患者有肠坏死时，要行肠切除，这是唯一的治疗方法，术后要持续应用康宁药物预防血栓再次形成。