目前对于新生儿胃穿孔的病因有多种学说，主要学说有自发性胃穿孔、先天性胃壁肌层发育不良、胃壁缺血缺氧因素、感染等。
一、主要病因
1、胃壁肌层发育不良，胃壁肌组织发育缺陷是胃穿孔的主要因素。多数学者认为它是由胚胎第9周发育过程中，胃壁肌层发生障碍或发育停顿形成胃壁肌层缺损。当喂奶或呕吐时胃内压升高，引起肌层缺损处黏膜破裂或穿孔。
2、胃壁缺血性坏死，这与部分胃穿孔患儿有明显窒息史有关。在缺氧状态下，机体为了保证生命中枢的供氧，全身的血液出现选择性分布，胃肠血供相对减少，从而出现缺血、坏死、穿孔。
3、感染，新生儿局部免疫力低下、对感染耐受性差、胃壁屏障机能不完善，胃壁薄弱，胃肠道的菌群过多繁殖产生胃炎而出现穿孔。
4、继发于消化道其它畸形，如肠旋转不良等。
5、特发性穿孔。
二、诱发因素
1、新生儿胃炎可导致胃穿孔。
2、出生前后窒息致胃壁局部缺血，血运障碍，使黏膜肌层缺损。
3、生长抑素及胃泌素增高，胃动素下降，影响胃蠕动，使胃扩张、胃酸度过度增高。
4、过早开奶。