包皮龟头炎分为感染性包皮龟头炎和非感染性包皮龟头炎，对于真菌和细菌的鉴别诊断主要依靠细菌培养。细菌性包皮龟头炎细菌培养的结果显示革兰氏阳性菌生长占82%，主要为金色葡萄球菌。革兰氏阴性菌生长占17.9%，主要为大肠埃希菌。
对于真菌性的包皮龟头炎，诊断标准包括龟头包皮散在丘疹和冠状沟处有白色奶酪样斑片，实验室检查有大量假菌丝或者大量芽生孢子。对病原微生物的培养发现白色念珠菌感染所占的比例为58.6%，非白色念珠菌感染所占比例为41.4%。