由于胃肠镜的要求不同，加上本身都是侵入性操作，患者有一定的痛苦。另外，患者的情况不同对检查耐受程度差别很大。因此，通常医院都规定门诊预约胃镜和肠镜要分开。对于急诊情况，如出血原因不明的或者住院的病人，主管医生可以根据需要安排胃肠镜同时做。
无痛胃肠镜由于需要麻醉师评估，分开做增加患者花费以及额外麻醉风险，一般建议可以胃肠镜一起做。总之，是否可以一起做胃肠镜取决于患者的个人意愿、身体状况，还有检查目的、方式和医院要求。