肝性脑病的发病机制与代谢毒物或代谢失衡有关，血脑屏障受损、负氮平衡和碱中毒等因素，是发生肝性脑病的重要基础。肝性脑病发病机制主要依赖几种学说：
1、氨中毒学说，氨的来源生成与吸收增加，会导致血氨增加，氨的清除不足也会导致血氨的增加。
2、假性神经递质学术。
3、血浆氨基酸失衡假说。
4、γ-氨基丁酸/苯二氮卓假说。
5、神经毒物的协同学说。
总而言之，肝性脑病相关学说如此之多，正说明其发病机制尚未澄清。