毛滴虫病对于女性患者主要是引起的滴虫性阴道炎，症状一般以外阴瘙痒、阴道分泌物增多，分泌物的特点表现为细胞脓性、黄绿色泡沫状，有臭味。由于滴虫性阴道炎可以同时伴有尿道、尿道旁腺、前庭大腺的滴虫感染，所以需要全身用药，主要治疗药物为甲硝唑和替硝唑等，但需在医生的指导下合理使用。
全身用药一般选择单次大剂量口服，由于单次大剂量口服可能会出现一些胃肠道反应，比如食欲减退、恶心、呕吐、头痛、皮疹等。所以出现这些情况后应停药，一般停药以后症状会减轻，由于甲硝唑容易和乙醇引起双硫仑样反应，所以治疗期间、停药24小时内严禁饮酒，哺乳期的女性需要在用药期间或者用药以后24小时内停止哺乳，性伴侣在接受治疗时要严禁性生活。同时，也需要选用1:5000的高锰酸钾溶液、乙酰胂胺冲洗阴道，或者扁桃酸栓进行局部治疗。
滴虫性阴道炎大多数经过规范的药物治疗可以达到临床痊愈，并且滴虫性阴道炎治疗以后也不需要常规随诊。为了预防反复感染，可以将使用过的内衣、内裤、毛巾在开水中煮5-10分钟杀灭病原体，可以有效预防重复感染的可能。