肝内胆管结石大部分没有任何症状，但如果合并出现并发症，就比较严重。如果肝内胆管结石长期感染，出现肝脓肿、化脓性胆管炎，导致患者出现发热、腹痛、黄疸，甚至感染严重时出现休克，就会影响生命危险。
如果长期的肝内胆管结石，有可能会导致胆汁性肝硬化，最终出现肝功能衰竭而导致肝脏无法行使正常功能，需要进行肝移植的可能性，这也是比较严重。
如果长期的肝内胆管结石并发胆管癌，这个就会影响生存时间，需要进行以手术为主的综合治疗，才能够延缓生存时间。所以有肝内胆管结石，建议尽早处理，如果等到合并这些并发症就变得非常严重。