小儿肠吸收不良综合征常见的病因是感染性慢性腹泻病和继发性乳糖不耐受。小儿肠吸收不良综合征好发于儿童，诱发因素包括小肠大段切除、小肠细菌过度繁殖、牛奶或大豆蛋白过敏性肠病、炎症性肠病、小肠淋巴管扩张症、肝胆胰疾病；麸质过敏性肠病和胰腺纤维囊性变。其发病机制因原发病不同而异。
一、主要病因
1、慢性腹泻病：慢性腹泻病是以大便次数增多和大便性状改变为特点的一组临床综合症，由于正常肠道菌群未建立、肠道菌群失调，胃肠负担加重，导致肠消化吸收功能不良，严重可引起脱水和电解质紊乱。
2、继发性乳糖不耐受：哺乳动物的幼体在断乳后，开始逐渐的减少乳糖酶的合成。儿童在4岁的时候通常会失去90%的乳糖消化能力，在缺乏乳糖酶的情况下，人摄入的乳糖不能被消化吸收进血液，而是滞留在肠道，加重肠道的吸收消化负担。婴幼儿肠道疾病损害肠黏膜，导致继发性乳糖酶缺乏，会继发乳糖吸收不良。
二、诱发因素
疾病因素：如肝胆胰疾病、慢性肠道炎症、小肠细菌过度繁殖、牛奶或大豆蛋白过敏性肠病、炎症性肠病、小肠淋巴管扩张症等。