巧克力囊肿的治疗，主要分为药物保守治疗和手术治疗。如果囊肿比较小，可以通过药物进行保守治疗，比如可以通过口服避孕药、孕激素，如米非司酮、孕三烯酮，或者促性腺激素释放激素激动剂，比如亮丙瑞林、戈舍瑞林等进行治疗。药物治疗和手术治疗的目的是缩减和去除病灶，减轻和控制疼痛，治疗和促进生育，预防和减少复发。
如果患者通过药物治疗的效果不好，症状不能缓解，且局部的病变加剧，或者生育功能未恢复，再或者卵巢囊肿比较大，大于四公分时，建议选择手术治疗。腹腔镜手术是治疗巧克力囊肿的首选手术方式，腹腔镜手术再加上术后药物调理是最好的治疗方式。当然，除了腹腔镜手术以外，也可以通过经腹手术来治疗巧克力囊肿。