甲状腺功能减退症患者的预后因其发病原因不同而有所不同，大部分甲状腺功能减退症患者在补充甲状腺激素后，甲状腺功能减退症的症状可以消失，机体代谢逐步恢复正常，预后良好。
一过性的甲状腺功能减退症患者可以在临床症状逐渐缓解后进行药物减量乃至停药，停药后甲状腺功能减退症的症状和体征也不会再复发，这部分患者的预后是最好的。
但是大多数甲状腺功能减退症患者需要终身服用甲状腺激素制剂治疗，以保障甲状腺功能能够维持在正常水平。一般情况下，只要甲状腺功能维持在正常范围内，机体的生理功能不会受到很大的影响。
长期甚至终身替代治疗成为绝大多数甲状腺功能减退症患者的正确选择。目前对本病的治疗仍然以甲状腺激素替代治疗为主。
未来的研究将会着眼于原发性甲状腺功能减退症的病因治疗，例如采用碘制剂早期预防和治疗克汀病，采用转基因技术治疗桥本氏甲状腺炎等。