部分简单的先心病在手术之后可以跟正常人基本接近，比如先天性房缺、室缺、动脉导管未闭。如果手术做的比较及时，大部分患儿术后跟正常人差不多，仍然有部分先心病会遗留一定的合并症，比如瓣膜有一定的反流、心脏有一定的扩大或者肺动脉压高，在以后的过程中对心脏有影响，但是影响不会太大，有可能在生长的过程中肺动脉高压也可能会慢慢变好。
比较复杂的先天性心脏病在手术之后仍然达不到正常人的程度，最常见的复杂性先天性心脏病比如法洛四联症，在手术之后会遗留三尖瓣以及肺动脉瓣关闭不全的情况，在以后的日子里也会影响心脏功能，有可能需要再次手术。更复杂的先天性心脏病相应的合并症可能会更多，需要再次手术的可能性会更高。