如果胆总管出现多发的结石手术过程相对复杂，因为胆总管结石常常合并有胆管炎，会出现寒战、高热、腹痛明显，所以常常病情较重需要手术根治性治疗。
胆总管手术治疗主要包括胆总管切开取石术以及T管引流，这是胆总管首选的治疗方法，可以行开腹或者腹腔镜下手术治疗，手术过程相对复杂所需要的时间相对较长，如果合并有胆囊结石还需要同时切除胆囊。
必要时也会插入T管达到引流的作用，为防止和减少结石的残留，术中可采用胆囊造影、B超、纤维胆道镜检查。