附睾炎通常在临床上主要治疗的药物是抗生素，由于附睾炎是男性泌尿生殖系统的一类非特异性的感染性炎症，通常自然病程大概在四周左右。主要是由于泌尿系统的细菌，如大肠埃希菌、变形杆菌、葡萄球菌、链球菌，通过血行以及淋巴途径感染所导致。
因此，在临床上主要是针对这些细菌进行抗感染治疗，必要时也可以根据尿液的药敏结果来针对性的用药。通常临床上可以选择喹诺酮类、头孢类、氨基糖苷类等相关的抗生素，其他治疗包括卧床休息、抬高阴囊、局部冷敷等等。