治疗疟疾的药物包括以下几大类：
第一、喹啉衍生物，包括氯喹、氨酚喹啉、甲氟喹、奎宁、伯氨喹等。其中氯喹是目前治疗非耐药疟疾的首选药物，伯氨喹因为能够杀灭肝细胞内迟发型子孢子和血液当中配子体，所以是目前唯一可供使用的预防复发和传播药物。
第二、青蒿素及其衍生物，包括青蒿琥酯、双氢青蒿素以及蒿甲醚等等，由于起效快、作用强，常用于耐药疟疾以及脑型疟疾。
第三、抗叶酸类药物，主要用做联合治疗，比如磺胺多辛和乙胺嘧啶。
第四、核蛋白合成抑制药物，比如四环素、多西环素、克林霉素等，通常与快速起效的抗疟疾药物，比如奎宁联合使用，也可以作为预防用药。