系统性硬化症的症状在早期通常是出现关节肌肉的病变。另外，也有95%以上的患者会出现雷诺现象，随着病情的逐渐进展，会出现典型的皮肤病变，通常会从手指及面部出现，经过3个时期：水肿期、皮肤硬化期，最终到达皮肤萎缩期。另外，系统性硬化症不仅会出现皮肤的萎缩硬化，主要也会导致各种重要脏器受累，比如心脏、肺脏、肾脏和消化道等多器官受累，而出现症状。消化系统受累会导致消化功能减弱，另外也会出现食管下段的功能失调，引起吞咽困难。部分患者会导致肺间质病变甚至肺间质纤维化。也可能会出现肺动脉高压，甚至合并肺癌。肾脏也是经常受累的，可以出现肾功能衰竭。