直肠炎的最佳治疗方法一般是选用相应的药物进行灌肠可能更好，因为通过灌肠药物可以直接达到病变的部位，达到最大的剂量，最有效的浓度进行治疗。
当然它的最佳治疗方法还需要配合有效的药物，同时一定要找到直肠炎的具体病因，才能选择对相应的药物。如果是由于细菌感染引起的直肠炎，灌肠可以使用抗生素。
如果是病毒性的直肠炎，可以考虑抗病毒的药物进行对症支持治疗，也可以选用中医、中药的对症支持治疗。如果是炎症性肠病，可以选用激素类以及免疫制剂等对症处理。