甲肝减毒疫苗注射后，少数人可能会出现局部疼痛、红肿，全身性的反应包括头痛、疲劳、发热、恶心和食欲下降，一般72小时之内可以自行缓解，偶有皮疹出现，不需要特殊处理，必要时可以对症治疗。甲肝疫苗包括甲肝灭活疫苗和甲肝减毒活疫苗两大类，由于制备原理不同，在有效性和安全性上存在差异。相对于减毒活疫苗，灭活疫苗具有更好的稳定性。灭活疫苗和减毒疫苗，都是通过启动人体引起人体的免疫反应，从而使人体产生免疫记忆达到免疫效果。
接种甲肝疫苗之后八周左右，可以产生很高的抗体，获得良好的免疫力。因此，甲肝疫苗具有良好的免疫保护作用，相对于灭活疫苗、减毒疫苗产生的免疫速度更快，效果更强烈。但是对于体质较弱，或者是本身有疾病的人群，建议加强体质，也可以在疾病恢复之后再注射疫苗。减毒疫苗只接种一针就可以，灭活疫苗需要接种两针，两针中间间隔六个月的时间。接种甲型肝炎疫苗的免疫力，可以至少持续5-10年的时间。