在纤维喉镜通过鼻腔进入喉部时，咽部会有短暂疼痛感，患者可出现恶心、呕吐反应，但是大多患者可以耐受，而且医生会用局麻药物喷射受检者咽侧壁、咽后壁、舌根处，所以一般不会很痛苦。
如患者不适感无法忍受，可用手势向医生示意，以便采取必要措施缓解。入镜后患者头部及身体不要随意转动，以免喉镜对患者的鼻腔及口腔造成损伤。