卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，是指子宫内膜异位症异位到卵巢组织，随着女性的月经周期而周期性发生出血的过程。由于每次月经囊肿内部都发生内出血，血液在吸收之后囊内的液体呈现比较黏稠的、棕褐色的液体，类似于巧克力样的改变，所以医学上叫做卵巢巧克力囊肿。
卵巢巧克力囊肿可以发生在一侧，也可以发生在双侧，发生之后由于囊肿不断的占据卵巢、不断周期性出血引起卵巢组织粘连，进而对卵巢组织形成比较大的破坏作用。所以卵巢巧克力囊肿一旦诊断，要做到早期的治疗，以免由于卵巢巧克力囊肿的不断周期性出血，引起对卵巢的破坏和周围脏器进行粘连，而影响患者怀孕功能。