乳糖不耐受的治疗目标主要是消除症状，同时避免营养缺乏。对原发性乳糖酶缺乏，提倡减少乳糖的摄入，但并非是严格禁止，对于先天性乳糖酶缺乏，则应该终身禁食乳糖。
对于继发性乳糖不耐受，首要的治疗是针对原发病的抑制，急性期主要是在腹泻期间，要注意维持水和电解质的平衡，防止婴儿出现脱水。暂时停止乳糖的输入，可以静脉或者口服补充水和电解质平衡，避免脱水和休克。另外，根据个体差异，可以选择大豆奶粉或者乳糖含量少的乳制品，同时还可以用一点益生菌，可以用点乳糖酶。经过这些处理，总的原则是不要造成水和电解质的紊乱，同时还要保证营养。