先天性曲细精管发育不全综合征的患者，需要长期补充雄性激素，以改善第二性征，但疗效不理想。一般采用丙酸睾丸酮、甲基睾丸酮片舌下含服；较方便的是给予长效睾酮，如庚酸睾酮或环戊丙酸睾酮；也可考虑同时给予绒毛膜促性腺激素。药物仅对男性化有一定帮助，但不能改变女性化的乳房，故乳房肥大者需进行手术治疗。
一、药物治疗
当患者血清睾酮水平低于正常时，即可开始雄激素替代治疗，使睾酮达到正常中等水平，替代治疗应尽早开始，并维持终身。可以采用肌内注射制剂或口服制剂。庚酸睾酮、十一酸睾酮肌内注射，十一酸睾酮疗程为4个月，可停药后观察4个月；频繁的肌内注射可导致药物吸收不良，不宜长期使用。若雄激素替代治疗效果不佳，不必久用。
二、手术治疗
药物治疗不能改变女性型乳房，故对于乳房肥大者，可通过手术将乳房内乳腺及脂肪组织切除，恢复正常男性乳房形态。
三、其他治疗
目前主张对青春期早期的患者保留精液样本或保留少量精子细胞，患者睾丸组织也可以成功通过冷冻技术保存，卵细胞内单精子注射技术和显微外科技术，使患者的生育成为可能。