卵巢巧克力囊肿手术后通常会用GNRH来预防复发，它是人工合成的十肽类化合物，对GNRH受体的亲和力较天然GNRH高百倍，在短期促进垂体LH和FSH释放后持续抑制垂体分泌促性激素，导致卵巢激素水平明显下降，出现暂时的闭经，这种疗法又叫做药物性卵巢切除。
目前比较常用的药物包括亮丙瑞林和戈舍瑞林，但是有一定的副作用，比如潮热、阴道干燥、性欲减退和骨质丢失等绝经的症状，一般在停药后会消失。