巧克力囊肿的确诊只有通过手术，患者做手术之后将巧克力囊肿切除，然后送病理检查，病理检查最后的结果就是判断巧克力囊肿的金标准。在临床当中，检查怀疑患者有巧克力囊肿的手段有很多种，比如做彩超检查、做CT检查、做肿瘤标志物CA125检查以及结合患者的临床症状和体征，可以大体的判断患者可能有巧克力囊肿。但是这些检查结果只是作为一种参考，不能当作最后的诊断标准。但是在临床当中，如果患者的巧克力囊肿非常小，患者又不想做手术，单纯从这些实验室检查、影像学检查以及患者的临床表现可以基本确认就是巧克力囊肿，这种情况下可以按照巧克力囊肿来治疗。