巧克力囊肿是属于卵巢囊肿的一种类型，从一般形态上，卵巢肿瘤可以分为囊性、实性和囊实性，其中，以囊性最多见，这就是通常所说的卵巢囊肿，可以通俗的想象成液体被一层膜包裹着，形成的物体。卵巢囊肿是所有卵巢肿瘤中最常见的良性病变，有生理性囊肿和病理性囊肿之分。生理性囊肿也很常见，是可以自生自灭的。
病理性的囊肿根据具体成分来源，分为黏液性囊肿、浆液性囊肿、子宫内膜异位囊肿等其他类型。卵巢囊肿有可能发生破裂、扭转、恶性变等状况，有了卵巢囊肿也需要定期复查。巧克力囊肿正式的名称是卵巢子宫内膜异位囊肿，是子宫内膜异位症发生在卵巢上所形成的囊肿。
由于囊肿内的液体颜色是像巧克力一样，所以形象的称作巧克力囊肿。这种囊肿典型的表现是痛经，并且很容易在盆腔内形成轻重不一的粘连，造成不良的后果，这是和其他囊肿明显不同的。