小便时会痛的治疗，首先要明确病因，如果尿痛伴有尿频、尿急这种情况，多考虑是前列腺炎、泌尿系感染等情况，建议做个尿常规、前列腺液检查。如果是前列腺炎，可以口服前列康以及抗生素治疗，如果泌尿系感染，可以口服或者静脉点滴左氧氟沙星等药物治疗，一般可以改善症状，缓解疼痛。
如果尿痛伴有血尿，或者既往有结石病史，这种情况主要考虑是结石导致，需要进一步明确具体的原因，可以通过进行泌尿系彩超检查和尿检的检查，可以明确诊断。如果疼痛较轻，可以使用热敷，或肌注山莨菪碱及黄体酮止痛治疗，如果疼痛剧烈，可以使用杜冷丁、曲马多等阿片药物止痛治疗。