目前食管癌的发病原因没有明确的结论，根据多项调查和研究，发现食管癌的发病可能与生活的饮食以及不良习惯有关，如食物中维生素的缺乏，比较喜欢吃素食、粗硬或者是比较烫的食物，或者是比较喜欢吃含有亚硝酸胺类化合物的腌制品、霉变食物以及长期吸烟、饮酒等。其次，也发现微量元素的缺乏，如钼、硒、镁等元素的缺乏，也会导致食管癌的高发。除此之外，一些慢性的食管疾病，如贲门失弛缓症、食管良性狭窄等长期刺激也可以诱发食管癌。一些研究甚至还发现人乳头瘤病毒的感染可能也与食管鳞癌的发生有关，再者还和肥胖、高体重指数有关系。很多研究发现食管癌有一定的遗传因素影响，表现为家族聚集倾向。