在肛管内，大多数婴儿的肛门边缘约1-2厘米处，有漏斗样的结构，称为肛门隐窝。婴儿由于大便不成型，大便残渣容易在肛门隐窝里面残留。残留的大便里面有大量的致病菌。婴儿抵抗力弱，容易引起这些肛门隐窝的感染。当肛门隐窝出现感染，感染通过肛管壁侵蚀并蔓延到肛周皮肤下面的脂肪中，肛门周围疏松的结缔组织时，就形成了婴儿肛周脓肿。